De dierenfysiotherapeut werkt volgens een protocol en zoekt daarbij systematisch naar de oorzaak, locatie en de primaire en secundaire (compensatie!) gevolgen van de klachten. Er wordt eerst een vraaggesprek afgenomen waarin de huidige klachten, het ontstaan en het verloop van de klachten, maar ook de overige gezondheid, eventuele eerdere klachten/gezondheidsproblemen en de leefsituatie van de hond aan de orde komen. Daarna wordt de hond in stand en tijdens het bewegen geobserveerd en gepalpeerd om probleemgebieden te kunnen zien en voelen. Tot slot volgt een lichamelijk onderzoek en een specifieke palpatie waarbij stoornissen in het functioneren van spieren, pezen, gewrichten en eventueel zenuwen en de exacte locatie daarvan worden opgespoord.  Wanneer al deze factoren in kaart zijn gebracht  kan een adequaat behandelplan worden opgesteld en een prognose worden gegeven voor het herstel en het daarbij verwachte aantal behandelingen.